La EERSSA tiene un organigrama estructural formal debidamente aprobado por la Junta General de Accionistas que fue elaborado bajo el principio de desverticalización para convertirlo en una forma horizontal que facilite la toma de decisiones y evite conflictos de autoridad y fugas de responsabilidad. En forma complementaria al organigrama existen los siguientes reglamentos: a) el Orgánico Funcional y b) el Reglamento de Clasificación y Valoración de Puestos; estos documentos describen las funciones de cada una de las gerencias de área, así como también las funciones de cada cargo.

El Orgánico Funcional contempla los siguientes niveles:

1. Nivel Directivo (Gobierno)
2. Nivel Ejecutivo
3. Nivel Asesor y de Apoyo
4. Nivel Operativo

1. Nivel Directivo (Gobierno)

Conforman este nivel:

a) Junta General de Accionistas, Órgano Superior de la Compañía, gobierna la misma y está conformada por los Accionistas. El mayor accionista es el Fondo de Solidaridad con cerca del 75%, seguido del H. Consejo Provincial de Loja con el 15%, y el resto de Consejos y Municipios que en conjunto alcanzan el 10%.

b) Directorio que está conformada por: Siete Directores principales y sus respectivos suplentes, designados de la siguiente manera: cuatro que representan al Accionista mayoritario (Fondo de Solidaridad), un representante del H. Consejo Provincial de Loja (segundo accionista mayoritario) y Municipios de la provincia de Loja, un representante de los Accionistas minoritarios, y un representante de los trabajadores.

2. Nivel Ejecutivo

Presidencia Ejecutiva que ejerce la representación legal y tiene en su misión fijar estrategias y políticas específicas tendiente a lograr los objetivos institucionales, administrando los recursos disponibles (humanos, financieros y técnicos), coordinando las actividades de las diferentes unidades.

3. Nivel Asesor y de Apoyo

Contribuye a través de consultas y recomendaciones a la toma de decisiones del Nivel Ejecutivo; está conformado por:

a. Comisario
b. Auditoria Externa
c. Contraloría
d. Asesoría Jurídica
e. Secretaria Ejecutiva
f. Coordinador de la Presidencia Ejecutiva
g. Comité de Concurso de Precios
h. Comité de Concurso de Ofertas
i. Comité de Coordinación y Gestión

4. Nivel Operativo

Ejecuta actividades para el cumplimiento de objetivos operativos establecidos y de coordinación administrativa y técnica de la Compañía.

Está conformado por:

a. Gerencia de Ingeniería y Construcciones
b. Gerencia de Operación y Mantenimiento
c. Gerencia de Comercialización
d. Gerencia Administrativa – Financiera
e. Gerencia de Planificación
f. Gerencia de Gestión Ambiental

En forma complementaria existen algunos reglamentos como: a) el Orgánico Funcional y b) el Manual de Clasificación y Valoración de Puestos, documentos que describen las funciones de cada una de las gerencias de área, así como también las funciones de cada cargo.